Virology - 04 Laboratory Methods for Virology

p {margin: 0; padding: 0;} .ft00{font-size:13px;font-family:ArialMT;color:#000000;} .ft01{font-size:12px;font-family:ArialMT;color:#000000;} .ft02{font-size:13px;font-family:Arial;color:#000000;} .ft03{font-size:13px;font-family:SymbolMT;color:#000000;} .ft04{font-size:13px;font-family:CourierNewPSMT;color:#000000;} .ft05{font-size:13px;font-family:Wingdings;color:#000000;} .ft06{font-size:13px;line-height:16px;font-family:Arial;color:#000000;} .ft07{font-size:13px;line-height:16px;font-family:ArialMT;color:#000000;}           VIROLOGY  LABORATORY METHODS FOR VIROLOGY   SPECIMEN COLLECTION  SPECIMEN COLLECTION  •   Appropriate time of collection  o   Early in disease process  o   Collected at acute phase of infection or within the first 72 hrs of disease  •   Go where the manifestation of the viral disease shows  o   Aspirated secretions  – maximum recovery  o   Swabs  – use Cotton (Dacron or Nylon)  o   Aspirate are better than swab but swab is more convenient  ▪   Calcium Alginate: Toxic to many viruses  o   Urine  – neutralizing pH with 7.5% solution of sodium  bicarbonate to remove vaginal flora  o   Blood  ▪   Anticoagulated blood : CMV  ▪   Citrate : Other Viruses  ▪   EDTA: Nucleic Acid Testing  ▪   Serum: Serologic Test  •   Transport  o   Medium: buffered isotonic solution + some type of protein + antibiotic  o   Refrigerated or on ice (not frozen)  o   -4°C  – temperature for storage for viruses  o   Delay of 4-7 days: -70°C  DIAGNOSTIC METHODS IN VIROLOGY  LABORATORY DIAGNOSIS  •   Direct Microscopic Examination  o   For detecting the presence of viral inclusions  o   Commonly used for herpes simplex, herpes zoster and CMV detection  •   Electron Microscope  •   Antigen Detection  o   Immunofluorescence Microscopy (FAT)  ▪   Direct   – uses fluorescence-labeled specific  antibody  ▪   Indirect   – a fluorescence-labeled antiglobulin is  used to detect the unlabelled specific antibody  o   Immunoperoxidase Staining  o   Solid-Phase Immunoassay  ▪   RIA  ▪   ELISA  ▪   Particle agglutination  •   Animal Inoculation Test  •   Nucleic Acid Hybridization  •   Cultivation  o   Chick Embryo  ▪   sites of inoculation  ▪   signs of growth  o   Tissue Culture Media  ▪   Primary Monkey Kidney (PMK)   ▪   Human fetal diploid (HFD)   ▪   Hep-2 continuous cell line   ▪   HeLa cells   ▪   African green monkey kidney, baby hamster kidney (BHK), Human embryonic kidney (HEK),    o   Signs of growth:  ▪   Cytopathic effect (CPE)   ▪   Plaque formations   ▪   Production of hemagglutinins   ▪   Foci formation   •   Serologic tests  o   Direct detection  ▪   Cytopathic effect (CPE) from cell scrapings -Bright-field light microscopy  ▪   Direct fluorescent antibody (DFA) staining  ▪   Enzyme immunoassays (EIAs)                ▪   Nucleic acid-based assays  •   Molecular Methods  o   Based on the detection of viral genome  o   Classical Molecular Methods  ▪   Depend on the use of specific DNA/RNA probes for hybridization.  ▪   Dot-blot,  ▪   Southern blot,  ▪   In-situ hydridization  o   The sensitivity of these techniques is not better than conventional viral diagnostic methods. It is usually more tedious and expensive than conventional techniques.  o   Polymerase Chain Reaction (PCR) and Reverse Transcriptase-PCR  •